14 Nisan 1927 tarihinde "İskeçe Türk Gençler Yurdu" adıyla kurulan (1936 yılında İskeçe Türk Birliği adını almıştır) İskeçe Türk Birliği, İskeçe Valisinin 1984 yılında yapmış olduğu başvuruyu müteakip, İskeçe Bidayet Mahkemesi, isminde "Türk" kelimesinin bulunması ve Dernek Tüzüğünün yasalara aykırı olduğu ve kamu düzeni ve ahlakını ihlal ettiği gerekçesiyle 1986 yılında kapatılmıştır.
İskeçe Türk Birliği üyeleri Bidayet Mahkemesinin kararını istinaf etmişler ve duruşma tarihi 20 Mart 1998 olarak belirlenmiştir. İstinaf Mahkemesi, İskeçe Valisinin talebine binaen duruşmayı 6 Kasım 1998'e ertelemiştir. O tarihte, İskeçe Valisi erteleme talebini yinelemiş ve davanın 4 Aralık 1998'de görülmesi kararlaştırılmıştır. Aralık 1998'de mahkeme katiplerinin grevi nedeniyle duruşma, bu kez, 15 Ocak 1999'a tehir edilmiştir.
Dava, nihayet, 15 Ocak 1999'da Trakya Üç Üyeli İstinaf Mahkemesinde görüşülmüştür. İstinaf Mahkemesi 19 Mart 1999 tarihinde yayınlanan kararıyla başvuruyu reddetmiş, "İsminde Türk kelimesinin bulunması ve Yunanistan sınırları içinde yabancı bir devletin çıkarlarına hizmet etmesi" gerekçesiyle Derneğin faaliyetlerinin kamu düzenine aykırı olduğuna hükmetmiş ve Bidayet Mahkemesinin kararını onayarak İskeçe Türk Birliği'ni kapatmıştır. İstinaf Mahkemesi 117/1999 tarihli kararında, ayrıca, Dernek Tüzüğünde "Batı Trakya Türkleri"ne yapılan referansın Yunanistan'da Türklere ait bir Derneğin mevcut olduğu ve Derneğin yabancılar tarafından kurulduğu intiba'ını yarattığını ileriye sürmüştür.
İskeçe Türk Birliği üyeleri İstinaf Mahkemesinin kararını Yargıtay nezdinde temyiz etmişlerdir. Temyiz davasının tarihi 3 Mart 2000 olarak açıklanmış ve anılan tarihte dava görülmüştür. Yunanistan Yargıtayı, 1530/2000 sayılı ve 8 Aralık 2000 tarihli kararıyla İstinaf Mahkemesi kararını "yeterli temelden ve kanıttan yoksun" bulmuş ve tekrar gözden geçirilmek üzere anılan mahkemeye iade etmiştir. Dernek üyelerinin başvurusu üzerine yeni istinaf duruşmasının tarihi 12 Ekim 2001 olarak belirlenmiştir. Duruşma daha sonra ertelenmiş ve 23 Kasım 2001 tarihinde görülmüştür. İstinaf Mahkemesi 25 Ocak 2002 tarihli ve 31 sayılı kararıyla İskeçe Türk Birliği'nin kapatılmasına yönelik kararında ısrar etmiştir.
Birlik üyeleri, İstinaf mahkemesinin kararını bu kez Yargıtay nezdinde temyiz etmişlerdir. Temyiz duruşmasının tarihi 10 Ocak 2003 olarak tespit edilmiş, daha sonra ertelenerek 19 Eylül 2003 tarihine dava görülmüştür. 5 Aralık 2003 tarihinde Hakimler Kurulunun üç leyhte iki aleyhte oyuyla temyiz dosyası Yargıtay Genel Kurulu'na havale edilmiş, Genel Kurulun davayı 23 Eylül 2004 tarihinde görüşeceği açıklanmıştır.
İskeçe Türk Birliği'nin Arios Pagos (Yargıtay) Genel Kurulu'nda görüşülen davasından da olumsuz karar çıkmıştır. Arios Pagos Genel Kurulu'nda görüşülen dava kararının daha resmen açıklanmamasına rağmen, konuyla ilgili haber birçok ulusal basın - yayın organlarında yayınlanmaya başlamıştır. 13 Ocak 2005 Perşembe günü akşam saatlerinde yayınlanmaya başlayan haberlerde Arios Pagos Genel Kurulu'nun İskeçe Türk Birliği konusunu görüştüğü ve oybirliğiyle İskeçe Türk Birliği aleyhine karar aldığı belirtilmiştir.
Böylece, 7 Şubat 2005 tarihinde Yargıtay (Arios Pagos) Genel Kurulu'nun aldığı kararla iç hukuk tüketilmiştir. Bunun üzerine İskeçe Türk Birliği, Temmuz 2005 tarihinde Avrupa İnsan Hakları Mahkemesine başvurmuştur.
Strasburg'daki Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi, İskeçe Türk Birliği davasıyla ilgili kararını 27 Mart 2008 tarihinde açıklamış ve derneğimizi haklı bulmuştur. Bunun üzerine Yunanistan, kendisine tanınan üç aylık itiraz süresinin bitimine saatler kala, yedi yargıçın oybirliği ile aldığı karara itiraz edeceğini ve davayı Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi Büyük Daire'ye götüreceğini açıklamıştır.
Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi Büyük Dairesi'nin beş yargıçtan oluşan heyeti, Yunanistan'ın, davayı Büyük Daire'ye gönderme talebini kabul etmediğini duyurdu. Dolayısıyla İskeçe Türk Birliği'ni oybirliğiyle haklı bulan 27 Mart 2008 tarihli karar kesinleşmiş oldu.
İskeçe Türk Birliği, Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi'nin kararının kesinleşmesinden sonra resmiyetin iadesi için İskeçe Asliye Hukuk Mahkemesi'ne başvuruda bulundu.
İskeçe Türk Birliği'nin resmiyetinin iadesi için açılan dava 11 Aralık 2008 tarihinde İskeçe Asliye Hukuk Mahkemesi'nde görüşülmesi gerekirken dava 19 Şubat 2009'a ertelendi.
İskeçe Türk Birliği'nin, İskeçe Asliye Hukuk Mahkemesi nezdinde açtığı dava 19 Şubat 2009 Perşembe günü görüşüldü. Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi'nin İskeçe Türk Birliği'ni haklı bulan ka¬rarından sonra, İskeçe Türk Birliği'nin kapatma kararının iptal edilmesi ve derneğin resmiyetinin iadesi istemiyle açılan davanın duruşması İskeçe Asliye'sinde yapıldı. Duruşmada beklenmedik bir gelişme yaşandı ve merkezi Selanik'te bulunan 'Trakya Dernekleri Federasyonu' İskeçe Türk Birliği aleyhinde davaya müdahil oldu.
İskeçe Asliye Hukuk Mahkemesi'nde görüşülen davanın kararı Mayıs 2009 tarihinde açıklanmış ve İskeçe Türk Birliği'nin başvurusu birtakım gerekçeler öne sürülerek reddedilmiştir. Akabinde hazırlanan istinaf dilekçesi mahkemeye sunulmuş ve görüşme tarihi olarak 23 Ekim 2009 tespit edilmiştir. 23 Ekim 2009 tarihinde gerçekleşmesi gereken duruşma devletin atadığı hukuk müşavirinin talebi sonucu 8 Ekim 2010 tarihine ertelenmiştir. Dava 8 Ekim 2010 Cuma günü görüşülmüş olup duruşmaya daha önce Bidayet Mahkemesi nezdindeki duruşmada İskeçe Türk Birliği aleyhine müdahil olan Trakya Dernekleri Federasyonu katılmamıştır. Trakya İstinaf Mahkemesi 25 Ocak 2011 tarihinde açıkladığı kararla İskeçe Türk Birliğinin bu davasını da reddetmiştir. Bu karar aleyhinede temyiz başvurusu en kısa sürede yapılacaktır.
İskeçe Türk Birliği'nin kapatılmasını öngören kararın iptal edilmesi ve İskeçe Türk Birliği'nin resmiyetinin iade edilmesi için Gümülcine'deki Trakya İstinaf Mahkemesi'ne de başvuruda bulunuldu. Açılan dava 3 Nisan 2009 Cuma günü görüşüldü. Duruşmada derneğimizin isteklerini içeren dosya mahkemeye sunuldu. Böylelikle Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi'nin kararından sonra derneğimizin yıllar sonra resmiyetine kavuşması için iki dava da görü¬şülmüş oldu. Trakya İstinaf Mahkemesi İskeçe Türk Birliğinin davasını reddedince bu karar alayhine temyiz dilekçesi sunulmuştur ve 7 Ekim 2011 duruşma Tarihi olarak belirlenmiştir.
Yargıtay nezdinde 7 Ekim 2011 tarihinde yapılan duruşmadan sonra 24 Şubat 2012 tarihinde karar yayınlandı ve temyiz başvurumuzun reddedilmesi sonucu ikinci kez iç hukuk tüketilmiş oldu. Yargıtay, Trakya İstinaf Mahkemesinin'de kararında atıfta bulunduğu "AİHM kararlarının Ulusal mahkemeler için bağlayıcı olmadığı" gerekçesiyle temyiz başvurumuzu reddetti. Bu karar aleyhine 16 Ağustos 2012'de ikinci kez AİHM'ye başvuruldu.
Türk Azınlığın etnik kimliğini inkarı, Yunanistan'da sosyal barışa ve samimi uzlaşı çabalarına sekte vurmaktadır. Azınlık üyeleri etnik kimliklerinin inkarını, Yunan toplumu içinde gelişme haklarının ve devletleriyle güçlü ve sağlam güven bağları kurulmasının önündeki en önemli engellerden biri olarak görmektedir.
29 yıldır devam eden İskeçe Türk Birliği davası, hukukun üstünlüğü ve adaletin sağlanmasının olduğu kadar, demokratik değerler, insan hakları, temel özgürlükler ile Avrupa hukukuna ve uluslararası sözleşmelere gerçekten saygı gösterilip gösterilmediğinin sınanacağı önemli bir imtihan niteliği taşımaktadır.